2013년 정부는 기초연금 확대, 영유아보육비 인상, 취득세율 인하 등 지방재정에 심각한 영향을 미치는 정책을 추진하면서 이를 보전하기 위해 국민의 추가적 부담이 발생하지 않도록, 부가가치세의 5%를 지방소비세로 전환하던 것을 6% 확대하여 11%로 하였고, 이와 함께 그간 지방자치단체가 기업을 유치하거나, 기업활동 지원을 위해 생산기반시설을 확충하더라도 지방자치단체 재정확충과 연계되지 않는 구조적 문제를 해결하기 위한 방안으로 지방소득세를 독립세로 전환하였다. 특히 지방소득세 독립세 필요성이 제기된 것은 2008년 국가정책 목적에 따른 법인세율 인하 및 각종 공제ㆍ감면제도로 인해 지방세수가 감소되었기 때문이다. 이러한 문제점을 해결하기 위해 2009년 국가균형발전위원회(현 지역발전위원회)가 지방소득세 독립세 전환을 검토했으나 납세 협력비용 등을 이유로 3년간 도입되지 못했다고 2014년부터 독립세로 전환 된 것이다.

지방소득세 독립세 전환은 지방자치단체 지역경제 증진활동과 밀접한 영향이 있다. 만약 어떤 지방자치단체가 기업 활동을 지원하기 위해 도로를 새로 개설하고, 산업단지를 싼값에 제공하는 등의 노력을 하고 관련 기업의 이익확대로 나타났다면, 그 이익의 일부를 지방자치단체와 공유하는 것은 너무나도 당연하다. 특히, 기업지원에 필요한 재원을 주민의 조세를 통해 조성하였기 때문에 그 이익의 일부를 주민에게 돌려주어야 하는 것이 조세정의 측면에서 바람직하다. 따라서 지방소득세 독립세 전환은 그간 개인 소득세와 법인 세액의 10%를 부가하여 지방소득세로 걷던 것을, 지방자치단체가 세율과 감면제도를 별도로 운영할 수 있도록 것이다. 다만, 급여 지급 시 원천징수하는 소득세에 대해서는 기존대로 운영되므로 급여생활자는 지방소득세 독립세 전환에 따른 추가적 부담은 발생하지 않는다. 반면, 법인에 대한 국세인 법인세의 비과세ㆍ감면이 지방소득세 법인 분에는 적용되지 않으므로 법인의 부담은 약 9,000억 원 증가하게 되었다.

<지방소득세 독립세 전환 전후 비교(법인기준)>

	종전(부가세)		현행(독립세)
세권	사업장 소재 각 지자체(특·광역시, 시·군 총 166개)
과세 체계	과세표준	세율	과세표준		세율
	법인세액	10%	법인세법상 과세표준	2억 이하	1%
				2~200억	2%
				200억 초과	2.2%

그러나 최근 상공회의소 등 기업단체에서는 중복 세무조사에 따른 부담을 이유로 지자체가 지방소득세를 세무조사 하는 것뿐만 아니라 신고의 적정성 여부를 판단하는 것까지도 제한해 줄 것을 정부에 요구하였다. 이에 기획재정부는 기업단체의 입장을 옹호하면서 관련 법안이 국회에 발의되어 있다. 기업단체의 주장은 크게 두 가지로서 무분별한 세무조사, 중복조사 등이다. 첫째, 무분별한 세무조사란 지방자치단체가 법인에 대해 세무조사를 할 수 있고 지방자치단체의 재정이 열악하므로 지방세 확충을 위한 무분별한 세무조사가 진행될 것이며 기업활동이 위축될 수 있다는 것이다. 그런데 이러한 주장은 국세청이 세무조사를 하더라도 크게 달라지지 않는다. 즉, 중앙정부라 하더라도 재정난을 겪을 경우 세무조사가 무분별하게 진행될 수 있기에 지방자치단체에 대해서만 이러한 주장을 하는 것은 적절하지 않다. 오히려 지방정부는 지방기업의 활성화가 직접적 세수진작으로 이어지는 만큼 중앙정부에 비해 기업활동을 위축시키는 무분별한 세무조사를 진행할 유인이 없다.

둘째, 중복조사란 다수의 지방자치단체에 지점을 둔 법인의 경우 중복ㆍ이중 조사의 우려가 있다는 주장인데, 이와 같은 주장에는 다소 문제가 있다. 현재 우리나라 법인 중 2개 이상의 지방자치단체에 사업장을 둔 법인은 2% 미만이며, 3개 이상의 자치단체에 사업장을 두고 있는 법인은 1%에 불과하다. 즉, 법인의 대부분인 98%는 한 개의 지방자치단체에만 사업장을 두고 있다. 또한, 다수의 지방자치단체에 사업장을 두는 법인의 대부분은 은행, 금융, 대기업 등으로 볼 수 있으며, 이들은 재무ㆍ회계 등의 별도 부서를 운영하고 있는 만큼 세무조사의 부담으로 기업활동이 위축된다는 주장은 다소 납득하기 어렵다.

1998년 세무조사 비율을 살펴보면, 개인사업자 0.65%, 법인 2.49%가 세무조사를 받았지만, 기업 친화적 환경조성을 위한다는 정부 방침에 따라 2012년에는 개인사업자 0.12%, 법인 0.91%만이 세무조사를 받았다. 즉, 변호사, 회계사, 의사 등 개인사업자 등은 1,000명 중에 1명, 대기업은 100개 기업 중 1개 기업 정도가 세무조사를 받았다. 이러한 상황임에도 세무조사가 기업활동을 위축시킨다는 주장은 대부분의 성실납세자에게는 이해받기 어려운 주장일 것이다.

다만, 세무조사결과에 대한 중복은 다소 문제로 지적할 수 있다. 만약 어떤 기업이 법인세를 신고하였는데, 이에 대해 지방정부가 세무조사를 실한 경우, 국세청이 과표와 지방자치단체의 과표가 달라질 수 있다. 이는 동일한 기업의 활동을 과세관청마다 다르게 보는 것이므로 문제라 할 수 있다. 이러한 경우를 막기 위한 대안을 제시한다면, 지방자치단체가 세무조사를 실시한 경우에 국세청에 조사결과를 통보하고 경정을 요청하도록 하며, 국세청이 경정한 과표를 각 지자체가 받아들이도록 한다면 과세관청에 따라 과표가 달리 적용되는 문제는 해결할 수 있다.

지방자치단체가 운영되기 위해서는 지방재정의 확보는 반드시 필요하며, 지방재정 확보수단으로서 가장 바람직한 것이 지방세이다. 지방교부세나 국고보조금은 주민의 행정수요를 적극적으로 반영하지 못하기 때문이다. 그리고 과세관청이 세무조사 및 과표를 결정해야 하는 것은 공평과제 등의 조세정의 실현을 위해서 너무나도 당연한 것이다. 따라서 지방소득세 제도운영에 있어서도 지방자치단체의 권한을 보장해야 하며, 단순한 문제는 단순제도 개선을 통해 해결해 나가야 한다.