󰏚 현황 및 문제점

❍ ’07년부터 국가, 지방자치단체도 부가가치세 신고납부대상으로 전환됨에 따라 기존의 ‘고유번호’를 ‘사업자등록번호’로 명칭 변경

- 부가가치세법시행령 개정으로 ’07년부터 국가 및 지방자치단체가 운영하는 부동산임대업, 도·소매업, 음식점·숙박업, 골프장·스키장 운영업, 기타 체육시설운영업이 부가가치세 과세대상으로 전환

- 개정시행령 부칙 제8조의 규정에 따라 지방자치단체 및 각 사업소는 종전에 사용하던 각각의 고유번호를 사업자등록번호로 명칭만 변경 사용함으로써 자치단체별로 다수의 개별 사업자등록번호가 발생

※부가가치세는 동일 사업자등록번호 기준으로 총매출세액에서 부가가치세 과세사업(부동산임대업 등)을 위해 지출한 임대부동산건설비용 등 매입세액을 공제한 후 차액을 납부하는 국세

* 납부할 부가가치세액 = 총매출세액 - 과세사업에 지출한 매입세액

❍ 17개 광역자치단체 중 10개 광역자치단체는 업무의 효율성을 위해 별도의 건설전담부서를 설치하여 공공시설물의 건설부서와 운영부서가 분리되어 있음

- 건설부서에서 공공시설물을 전담 건설 하고, 건물완공 후에는 지방자치단체와 다른 산하 사업소 등 운영부서에서 임대부동산을 관리운용

* 서울특별시(도시기반시설본부), 부산광역시(건설본부), 경기도(건설본부), 인천광역시(종합건설본부), 대전광역시(건설관리본부), 대구광역시(건설본부), 광주광역시(종합건설본부), 울산광역시(종합건설본부), 충청남도(종합건설사업소), 경상북도(종합건설사업소)

* 나머지 7개 광역자치단체도 본청과 사업소가 별도의 개별 사업자등록번호 사용

❍ 이 경우 현행 ‘부가가치세법시행령’에 의하면 지방자치단체의 동일 조직임에도 건설부서와 운영부서가 사업자등록번호가 다르기 때문에 건설전담부서가 지출한 매입세액을 지방자치단체의 매출세액에서 공제받지 못하는 불합리함이 있음

- 서울시가 기획재정부에 질의하여 회신 받은 내용에 의하면 매입부서와 매출부서의 사업자등록번호가 다른 것을 착오에 의해 잘못 기재하여 세금계산서를 수취한 경우로 보아 매입세액을 공제받을 수 있는 것으로 해석하였으나(’14.12.30), 기획재정부와 국세청은 동 유권해석 이후 수취하는 사업자등록번호 불일치 매입세금계산서는 더 이상 착오로 보기 어렵다는 입장임

❍ 매입부서와 매출부서의 이원화에 따른 사업자등록번호 불일치로 인해 매입세액을 공제받지 못하여, 지방자치단체가 산하 소속기관의 매입세액을 공제받기 위해 모든 기관의 사업자등록번호를 1개로 사용할 경우 행정업무 효율성 저하는 물론 혼선에 따른 민원발생 우려

- 지방자치단체 등의 경우 부가가치세 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소가 사업장이라고 규정(령 제8조 제1항 13호)하고 있으면서도, ‘지방자치단체와 그 산하 기관은 본·지점 관계가 아니므로 일반 법인과 개인사업자처럼 총괄 납부할 수 없다’라는 유권해석(재경부 부가가치세제과-186, 2007.3.22.)에서 볼 수 있듯이

- 현행 부가가치세법시행령은 지방자치단체의 특수성을 고려한 예외적 규정을 두지 않아 지방자치단체가 응당 공제받아야할 매입세액을 공제받지 못하게 되는 등 오히려 민간기업보다 더 차별적 대우를 받는 불합리함이 있으므로 법령개정을 통해 그간 도출된 문제점 등을 보완하고 정비할 필요가 있음

* 부가가치세법령은 당초 영리사업자를 주 과세대상으로 하던 것이었으나 지방자치단체의 수익사업을 과세대상으로 전환하면서 지방자치단체의 특수성을 간과

󰏚 개선방안

❍ 지방자치단체의 특성상 업무의 효율적 수행을 위해 지방자치단체가 산하에 건설전담부서를 설치하여 부가가치세 과세사업과 관련된 고정자산을 건설하기 위해 지출한 건설비용(매입세액)을 지방자치단체의 매출세액에서 공제받을 수 있는 예외규정 신설이 필요

󰏚 논의사항

❍ 17개 광역자치단체가 공동명의로 법령개정안을 기획재정부에 제출하여 지방자치단체의 공통된 현안 문제 해결 협력 추진